La méthodologie expérimentale MUSE renouvelle l'approche des sols en consacrant une approche systémique.

 La démarche de qualification  s'appuie  sur les 5 grandes fonctions écosystémiques des sols dont elle évalue la performance au travers d'indicateurs:

• la régulation du grand cycle de l'eau (filtration et infiltration, retention dans le sol, les zones humides et les milieux aquatiques)
• la séquestration du carbone
• la biodiversité du sol (endogée) et terrestre (épigée) : systémique et fonctionnelle
• la production de biomasse
• la dégradation de la matière organique et de la roche mère.